Tutti i soggetti beneficiari del 5 per mille, indipendentemente dall'ammontare del contributo percepito, sono tenuti a redigere:

• il rendiconto economico secondo modello ministeriale;
• l'elenco dei giustificativi di spesa secondo modello ministeriale;
• una relazione illustrativa, che esprima in maniera chiara ed esaustiva come è stata utilizzata la somma percepita, gli interventi realizzati e il dettaglio dei costi inseriti nel rendiconto.

I documenti di spesa devono essere appositamente annullati e accompagnati da quietanza di pagamento. Il Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali ha predisposto un modello di rendiconto, corredato da apposite "Linee Guida" che chiariscono termini e modalità di rendicontazione e gli altri adempimenti cui sono tenuti i soggetti beneficiari, nonché le sanzioni previste in caso di inosservanza. 

La redazione di questi documenti va fatta entro un anno dalla ricezione degli importi e alla conservazione degli stessi per 10 anni. 

Il rendiconto deve essere redatto per ogni singola annualità nei limiti del contributo percepito. Possono essere inserite nel rendiconto le spese effettivamente sostenute entro i 12 mesi successivi alla data di percezione del contributo e quelle sostenute a partire dalla pubblicazione - da parte dell'Agenzia delle Entrate - dell'elenco definitivo dei soggetti ammessi e degli esclusi. È però chiaro che ove, successivamente alla pubblicazione dell'elenco, si verifichino o siano accertate situazioni ostative alla corresponsione del contributo, dette spese resteranno a carico dell'Ente. 

Gli eventuali importi inseriti nel punto 6 "Accantonamento" del rendiconto, devono essere utilizzati e rendicontati entro 36 mesi dalla ricezione del contributo.

La rendicontazione va effettuata come i contributi spesi entro un anno dalla ricezione, con apposito modello  predisposto dal Ministero.

I beneficiari che hanno percepito una somma pari o superiore ai 20.000,00 € sono tenuti ad inviare al Ministero il rendiconto, entro 30 giorni dallo scadere del termine di redazione dello stesso. A tal fine è stata predisposta un'apposita piattaforma digitale di cui gli Enti interessati devono avvalersi per effettuare l'invio di quanto richiesto.

Tali enti sono tenuti negli stessi tempi anche a pubblicare sui propri portali, il rendiconto del 5 per mille. Di tale pubblicazione devono darne comunicazione alla Pubblica Amministrazione.

In caso di violazione degli obblighi di pubblicazione, il Ministero del Lavoro e delle politiche sociali diffida il beneficiario ad effettuare la citata pubblicazione assegnando un termine di trenta giorni; in caso di inerzia provvede all’irrogazione di una sanzione amministrativa pecuniaria pari al 25% del contributo percepito.

I contributi del 5 per mille, erogati sono soggetti a recupero nei seguenti casi:

• qualora l’erogazione delle somme sia stata determinata sulla base di dichiarazioni mendaci o basate su false attestazioni anche documentali;
• qualora venga accertato che il contributo erogato sia stato impiegato per finalità diverse da quelle perseguite istituzionalmente dal soggetto beneficiario ovvero per spese di pubblicità per campagne di sensibilizzazione;
• qualora le somme erogate non siano state oggetto di rendicontazione;
• qualora gli enti che hanno percepito contributi non inviino il rendiconto e la relazione;
• qualora, a seguito di controlli, l’ente beneficiario sia risultato non in possesso dei requisiti che danno titolo all’ammissione al beneficio;
• qualora l’ente, dopo l’erogazione delle somme allo stesso destinate, risulti, invece, aver cessato l’attività o non svolgere più l’attività che dà diritto al beneficio, prima dell’erogazione delle somme medesime.